É descoberta uma "cura" para os mutantes, que agora podem optar por manter seus poderes ou se tornarem seres humanos normais. A descoberta põe em campos opostos Magneto, que deseja fazer com que todos os humanos se tornem mutantes, e os X-Men, liderados pelo professor Charles Xavier.
Ainda vivendo em um mundo que os odeia, os mutantes passam a sofrer uma discriminação ainda maior quando um novo mutante provoca um ataque ao Presidente dos Estados Unidos, quase matando-o. A notícia faz com que a sociedade se manifeste ainda mais contra os mutantes, fazendo com que ganhe força o projeto do registro de mutantes. William Stryker, um militar que tem experiência em lidar com mutantes e uma ligação com o passado de Wolverine,...
Sob a orientação do professor Charles Xavier, seres humanos que sofreram mutações genéticas aprendem a direcionar seus poderes especiais para o bem da humanidade, tendo de lidar com o traiçoeiro Magneto que prepara um plano sinistro, por acreditar que humanos e mutantes não devam coexistir.
