O psiquiatra americano Douglas Kelley, encarregado de determinar se os prisioneiros nazis estão aptos para serem julgados pelos seus crimes de guerra, vê-se envolvido numa complexa batalha de inteligência com o braço direito de Hitler, Hermann Göring.
Em 1963, durante o auge da Guerra Fria, Elisa (Sally Hawkins), uma solitária empregada de limpeza muda que trabalha num laboratório governamental, vê a sua vida mudar para sempre quando, com a sua colega Zelda (Otavia Spencer), descobre o resultado de uma experiência ultrasecreta: um estranho ser aquático que vive num tanque.